שמן זית הוא בעצם מיץ פרי, וככזה הוא חשוף לקלקולים, כמו כל מיץ פירות אחר.
שמן זית מבלה את רוב חייו בתוך כלי אחסון כלשהו וישנה משמעות לאופן אחסון השמן וליכולת שלו לשמור לאורך השנה על מרכיביו הבריאותיים והאורגנולפטיים – שהם מאפייני הטעם והריח של השמן.
הדרך הטובה ביותר לשמור על שמן הזית וליהנות ממנו לאורך זמן היא לשמור עליו במקום חשוך וקריר (18 מעלות כל השנה ) או לאחסן אותו במיכל נירוסטה אטום.